Πριν τη μεγάλη ηφαιστειακή καταστροφή των προϊστορικών χρόνων η νήσος ήταν στρογγυλή και είχε το όνομα Στρογγύλη, ενώ αργότερα απέκτησε τα ονόματα Καλλίστη ή Καλλιστώ (από το αρχαίο καλλίστη που σημαίνει «η ομορφότερη»).

Το μετέπειτα κλασικό όνομα της νήσου Θήρα προήλθε από τον αρχαίο Σπαρτιάτη Θήρα που αποίκησε πρώτος τη νήσο αυτή.